С 1 января 2004 г. архив существует в новом качестве и под несколько иным названием.
Распоряжением Главы Администрации (губернатора) Томской области от 14.11.2003 г. ЦДНИ ТО реорганизован в Областное государственное учреждение «Центр документации новейшей истории Томской области» (ОГУ «ЦДНИ ТО»). В результате реорганизации ЦДНИ ТО приобрел статус юридического лица, оставаясь в ведении архивного управления Администрации Томской области и в системе Федеральной архивной службы России, как областной архив. В Уставе ОГУ «ЦДНИ ТО» наиболее полно определены основные задачи и виды деятельности учреждения.